昌吉学院开设的专业有汉语言专业、秘书学专业、网络与新媒体专业、自动化专业、应用物理学专业、英语专业、商务英语专业、金融数学专业、计算机科学与技术专业等。
| 院系 | 专业 |
|---|---|
| 中语系 | 汉语言、中国少数民族语言（维吾尔语）、少数民族语言文化（专科） |
| 中文系 | 秘书学（民考汉）、网络与新媒体、秘书学、文秘（专科） |
| 物理系 | 教育技术学、自动化、应用物理学、应用物理学（民考汉）、能源与动力工程、材料物理、电气自动化技术（专科/民考汉）、电气自动化技术（专科） |
| 外语系 | 英语（民考汉）、英语、商务英语 |
| 数学系 | 金融数学、数学教育（专科） |
| 经济管理系 | 公共事业管理（民考汉）、公告事业管理、工商管理（民考汉）、工商管理、财务管理、工商企业管理（专科） |
| 计算机工程系 | 计算机科学与技术（民考汉）、计算机科学与技术、电子商务、计算机应用技术（专科）、电子信息工程技术（专科） |
| 化学工程系 | 应用化学、化学工程与工艺、应用化工技术（专科/民考汉）、应用化工技术（专科）、工业分析与检验（专科/民考汉）、工业分析与检验（专科） |
| 初等教育学院 | 学前教育（专科） |
| 体育系 | 体育教育（民考民）、体育教育、社会体育指导与管理 |
| 音乐系 | 音乐系、音乐表演 |
| 美术系 | 视觉传达设计、美术学、环境设计 |
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