公司注销未抵扣的进项税怎样处理

根据国税函〔1998〕429号规定，如果企业因破产而注销税务登记的，期初尚未抵扣的已征税款以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分（即留抵税额），税务机关不再退税。

因此，因破产而注销税务登记的企业其账面上未抵扣的进项税额不再退还。

相关规定：《国家税务总局关于企业破产、倒闭、解散、停业后增值税留抵税额处理问题的批复》(国税函〔1998〕429号)

对因破产、倒闭、解散、停业而注销税务登记的企业，其原有的留抵税额的处理问题，《国家税务总局关于印发〈增值税问题解答(之一)〉的通知》(国税函发[1995]288号)已明确法规：纳税人破产、倒闭、解散、停业后，其期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分（即留抵税额），税务机关不再退税。